Հայոց անկախության վերականգնումը ամբողջ հայ ժողովրդի, այդ թվում Հայ առաքելական եկեղեցու նվիրական երազանքի իրականացումն էր։ Հայոց եկեղեցին իր ժողովրդի հետ միասին ակտիվորեն մասնակցեց հանրապետության կայացման ողջ գործընթացին։ Չնայած բարդ ու լարված իրավիճակին՝ հանրապետության նորընտիր իշխանությունների հետ միասին հայոց եկեղեցին իր մասնակցությունը բերեց պետական-հասարակական կարգը բարեփոխելու քաղաքականությանը։ Հայ առաքելական եկեղեցու համար կարևոր նշանակություն ունեցավ 1991թ. հունիսին ՀՀ Գերագույն խորհրդի կողմից ընդունված «ՀՀ-ում խղճի ազատության և կրոնական կազմակերպությունների մասին» օրենքը։ Դրանով Հայոց եկեղեցուն իրավունք էր տրվում վերստեղծել իր թեմերն ու համայնքները, կառուցել նոր եկեղեցիներ ու նպաստել հոգևոր կրթությանը։ Հայոց եկեղեցին պաշտպանեց իշխանությունների նախաձեռնությունը «Հայաստան» համահայկական հիմնադրամ ստեղծելու հարցում։ Վերականգնվեցին խորհրդային տարիներին արգելված եկեղեցասեր կազմակերպություններն ու միությունները, երգչախմբերը։ Վերականգնվում են կիսաքանդ եկեղեցիները, կառուցվում են նորերը։ 1994թ. օգոստոսին վախճանվեց Ամենայն հայոց կաթողիկոս Վազգեն Ա-ն։ 1995թ. ապրիլին Մայր աթոռ Սուրբ Էջմիածնում անկախ Հայաստանի պայմաններում բացվեց համայն հայությունը ներկայացնող Ազգային-եկեղեցական պատգամավորական ժողովը։ Ամենայն հայոց կաթողիկոս ընտրվեց Մեծի տանն Կիլիկիո աթոռակալ Գարեգին Բ-ն՝ վերանվանվելով Գարեգին Ա։ Նրա կարճատև գործունեության տարիներին (1995-1999) ընդարձակվեց եկեղեցաշինությունը, ստեղծվեցին հոգևոր-եկեղեցական նոր կառույցներ, սերտացան միջեկեղեցական կապերը։ Գարեգին Ա-ի մահից հետո Մայր աթոռ Ս. Էջմիածնում 1999թ. հոկտեմբերի 26-28-ը տեղի ունեցած Ազգային եկեղեցական ժողովում Ամենայն հայոց կաթողիկոս ընտրվեց Արարատյան հայրապետական թեմի առաջնորդական փոխանորդ Գարեգին արքեպ. Ներսիսյանը։ Հայոց 132-րդ հայրապետը գահ բարձրացավ հայոց պետականության համար խիստ ծանր իրավիճակում, երբ հոկտեմբերի 27-ին Ազգային ժողովում տեղի ունեցած ահաբեկչության հետևանքով սպանվեցին Ազգային ժողովի նախագահը, վարչապետը, պետական ու քաղաքական այլ գործիչներ։ Ամենայն հայոց կաթողիկոս Գարեգին Բ-ն հաջողությամբ շարունակում է իր նախորդների հոգևոր-եկեղեցական գործունեությունը։ 2001թ. մեծ շուքով նշվեց Հայաստանում քրիստոնեության պետականորեն ընդունման 1700-ամյա հոբելյանը։ 2000թ. դեկտեմբերի 31-ի տարեմուտի գիշերը Հայոց հայրապետը և հանրապետության նախագահ Ռ. Քոչարյանը Խոր Վիրապից Մայր աթոռ բերեցին Լուսավորչի կանթեղը։ Այս լույսից տարածված մոմավառությունը ազդարարեց հայոց դարձի 1700-ամյա հոբելյանը և երրորդ հազարամյակի սկիզբը։ Հոբելյանական ողջ տարվա ընթացքում եղան ուխտագնացություններ, գիտաժողովներ, կրթամշակութային այլ միջոցառումներ։ Այսպիսով Հայոց եկեղեցին իր ձեռնարկներով աջակցություն ու անմիջական մասնակցություն է բերում հայոց անկախ պետականության կայացման գործին։
| 
