Արշակի ձերբակալումից հետո պարսկական զորքերը 367թ. կրկին ներխուժեցին Հայաստան: Հայոց թագուհի Փառանձեմն արքայաժառանգ Պապի հետ ամրացավ Արտագերս ամրոցում: Երկու դավաճան հայ իշխաններ, մուտք գործելով ամրոց և տեսնելով Փառանձեմի ծանր կացությունը, որոշում են օգնել նրան: Բերդի կայազորն անսպասելի հարձակմամբ խայտառակ ջարդ է տալիս ամրոցը պաշարած պարսկական զորքերին, որից հետո Պապն օգնության խնդրանքով ուղարկվում է հռոմեացիների մոտ:
Շապուհը, ահավոր զայրացած, նոր բանակ ուղարկեց Հայաստան: Երբ թվում էր, թե դրան նույնպես սպառնում էր առաջինի ճակատագիրը, Արտագերսում համաճարակ սկսվեց: Երբ Արտագերսը գործնականում զրկվեց իր պաշտպաններից, պարսիկներին հաջողվեց գրավել ամրոցը և գերել Փառանձեմին: Այնուհետև պարսիկները Մերուժան Արծրունու և Վահան Մամիկոնյանի աջակցությամբ գրավեցին ու ավերեցին Հայոց թագավորության խոշոր քաղաքներ Արտաշատը, Վաղարշապատը, Երվանդաշատը, Վանը, Զարիշատը և այլն: Վերջիններիս բնակչությունը բռնագաղթեցվեց Պարսկաստան:
Պապը հայտնվեց ծանր կացության մեջ: Բարբարոսական ցեղերի հարձակումների պատճառով հռոմեացիները չէին կարողանում օգնական ուժեր տրամադրել, իսկ պարսիկներն ավերում էին երկիրը: Պապը փորձեց լեզու գտնել Շապուհ Բ-ի հետ, սակայն Վաղես կայսրը 370թ. հնարավորություն ունեցավ զորք ուղարկելու Հայաստան՝ Պապի և Վասակ Մամիկոնյանի որդի սպարապետ Մուշեղ Մամիկոնյանի հայկական զորամասերի հետ միասին: Մի շարք ճակատամարտերում հաջողության հասնելով՝ հայ-հռոմեական բանակները Մուշեղ Մամիկոնյանի հրամանատարությամբ 371թ. Նպատ լեռան մոտ՝ Ձիրավի դաշտում փայլուն հաղթանակ տարան պարսկական զորքերի նկատմամբ:
Պապը, չնայած պատանի հասակին, հանդես բերեց պետական մեծ գործչի անուրանալի հատկություններ: Նա ձեռնամուխ եղավ պարսկական արշավանքների ընթացքում Մեծ Հայքից անջատված երկրամասերի միավորմանը և թագավորության տարածքային ամբողջականության վերականգնմանը: Մուշեղ Մամիկոնյանին հաջողվեց կարճ ժամանակում վերականգնել Հայոց թագավորության մինչպատերազմյան սահմանները, պատժել անհնազանդ նախարարներին և հայկական հողերին աչք տնկած Վիրքի ու Աղվանքի թագավորությունները:
Պատերազմից երկիրը տնտեսապես խիստ տուժել էր և թուլացել: Երիտասարդ միապետից պահանջվում էին գերմարդկային ջանքեր թագավորության տնտեսությունը վերականգնելու և ռազմական կարողությունը նախապատերազմյան վիճակին հասցնելու համար: Արշակ Բ-ի ու նախարարների հակադրության դառը հետևանքները հաշվի առնելով՝ Պապը խուսափեց երկիը վերաշինել նախարարներին հարկի տակ դնելով: Նա աշխատեց դա կատարել եկեղեցու տնտեսական հզորությունը թուլացնելու ճանապարհով: Թագավորական հրովարտակով բնակչությունն ազատվեց եկեղեցուն վճարվող տասանորդից և պտղիից: Դեռևս Տրդատ Մեծի օրոք հոգևորականությանը տրված 7 բաժին հողից 5-ը հարքունիս գրավվեց և բաժանվեց զինվորներին: Խիստ կրճատվեց հոգևորականների թիվը: Հոգևորականների դասը թողածները և հոգևորականների ազգականները զորակոչվեցին բանակ: Դրա շնորհիվ գործող բանակի զինվորների թիվը շուտով հասավ 90 հազարի:
Պատերազմի հետևանքով երկրի բնակչությունը խիստ կրճատվել էր, իսկ ծնելիությունը նվազել: Վիճակը շտկելու համար թագավորի հրամանով փակվեցին դեռևս Ներսես Մեծի օրոք բացված կուսանոցներն ու մենաստանները: Կույսերին ամուսնանալու իրավունք տրվեց: Պետական եկամուտները մեծացնելու նպատակով Պապը լուծարեց բարեգործական շատ հաստատություններ, որոնք պահվում էին պետության և եկեղեցու միջոցներով:
Պապի քաղաքականությունը, որի միակ նպատակը Հայոց թագավորության հզորության վերականգնումն էր, առաջ բերեց նախարարների մի մասի և եկեղեցու սպասավոոների ատելությունը: Պապին սկսում են մեղադրել անգամ Ներսես Մեծ կաթողիկոսին թունավորելու մեջ, մինչդեռ նա մահացել էր թոքերի հիվանդությունից: Սակայն նրա հեղինակությունը մեծ էր երկրռւմ, հատկապես ժողովրդական զանգվածների շրջանում: Ուստի բնավ պատահական չէ, որ հռոմեական պատմիչ Ամիանոսը նրան բնութագրում է որպես եռանդուն, խիզախ և խելոք իշխողի:
Հայոց թագավորության ուժեղացմանն ուղղված Պապի քայլերը և անկախ քաղաքականությունն առաջ բերեցին հռոմեական արքունիքի խիստ դժգոհությունը: Նպատակ ունենալով Պապին գահընկեց անել՝ կայսրը նրան բանակցությունների պատրվակով հրավիրեց Տարսոն: Սակայն Հայոց թագավորը, պարզելով կայսեր նպատակը, իր 300 թիկնապահներով փախուստի դիմեց ու վերադարձավ Հայաստան՝ ուրախությամբ ընդունվելով ժողովրդի կողմից: Կայսրն ստիպված եղավ ներողություն խնդրել տեղի ունեցած «թյուրիմացության» համար, իսկ Պապն էլ ձև արեց, թե ոչինչ չի պատահել:
Հայ-հռոմեական հակասությունների հետագա սրման համար պատճառ դարձան Ներսեսի մահից հետո նոր կաթողիկոսի ձեռնադրությունը և Պապի կողմից հայ-պարսկական հարաբերությունները կարգավորելու փորձերը: Սկզբում Պապը փորձեց կաթողիկոս ձեռնադրվելու համար Կեսարիա ուղարկել իր թեկնածուին, որին տեղի միտրոպոլիտը եկեղեցուց վտարեց: Համոզվելով, որ կաթողիկոսի ընտրությանը հռոմեական արքունիքն ու եկեղեցին միշտ միջամտելու են, Պապը դիմեց արմատական քայլի: Հուսիկ Աղբիանոսյան եպիսկոպոսին նա այլևս Կեսարիա չուղարկեց: Նրան կաթողիկոս ձեռնադրեցին հայոց եպիսկոպոսները: Նույնիսկ այսօր դժվար է գերագնահատել կատարվածը: Պապի այդ արմատական քայլի շնորհիվ Հայոց եկեղեցին դարձավ անկախ, ինքնագլուխ և բռնեց ազգային հոգևոր հաստատության վերածվելու ճանապարհը:
Հռոմեական արքունիքը դժկամորեն ընդունեց Հայոց կաթողիկոսի Հայաստանում ձեռնադրվելու փաստը: Բացի այդ, Հռոմի ու Պարսկաստանի միջև խուսանավելու և հավասարակշռություն ստեղծելու Պապի քայլերը, որոնք ուղեկցվում էին հայ-պարսկական հարաբերությունների բարելավմամբ, խիստ անհանգստացրին կայսերը: Նրա գործակալները, որոնք գտնվում էին Հայաստանում և հետևում էին Պապի ամեն քայլին, հանձնարարություն ստացան սպանելու Հայոց թագավորին: Հռոմեական զորքերի հայաստանյան հրամանատարը 374թ. նրան հրավիրեց խնջույքի, որտեղ Պապը սպանվեց հռոմեացի զինվորների կողմից: Թագավորեր Պապը ևս գոնե երկու տասնամյակ, թերևս կկարողանար այնքան զորեղացնել ու կենսունակ դարձնել Հայոց թագավորությունը, որ V դ. 20-ական թթ. այն չէր ընկնի: Ցավոք, Պապի սպանությամբ Մեծ Հայքի թագավորությունը զրկվեց իր երիտասարդ տաղանդավոր թագավորից, իսկ նրա հաջորդներն ի վիճակի չեղան շարունակելու նրա սկսած հայրենանվեր գործը:
Հայոց պետության կենտրոնացման ու թագավորական կենտրոնաձիգ իշխանության ամրապնդման, երկիրը ռազմականապես հզորացնելու՝ Արշակ Բ-ի ու Պապի և նրանց նախորդների փորձերը ձախողվեցին: Պատճառը ոչ միայն ավատականացած նախարարության պառակտիչ գործունեությունն էր, այլև Հռոմի ու Պարսկաստանի՝ երկրի ներքին գործերին մշտապես միջամտելու և Հայաստանն իրենց ենթարկելու քաղաքականությունը:
