1441թ. սկսած Ամենայն Հայոց կաթողիկոսության կարևոր և խոշոր թեմերից էր Գանձասարի կաթողիկոսությունը, որի հոգևոր առաջնորդության ներքո էր Արցախի և Ուտիքի ու Արևելյան Այսրկովկասի հայությունը։ Կաթողիկոսի նստավայրն էր Արցախի Գանձասարի վանքը, որն ընդարձակ կալվածքներ ուներ։ Գանձասարի կաթողիկոսությունը գոյատևեց մինչև XIX դ. սկզբները։ Հայոց եկեղեցու համակարգում կարևոր դեր ուներ Աղթամարի կաթողիկոսությունը (գտնվում էր Աղթամար կղզում)։ Վասպուրականի վանքերը վաղուց ի վեր հայտնի էին որպես հայ գրի և գրչության խոշոր կենտրոններ։ Այնտեղ պահվում էին հազարավոր ձեռագրեր։ Աղթամարի կաթողիկոսությունն իր գոյությունը պահպանեց մինչև XIX դ.։ Հայոց եկեղեցու պատմության մեջ կարևոր դեր է խաղացել Կոստանդնուպոլսի հայոց պատրիարքությունը, որը հիմնվեց 1461թ. Օսմանյան պետության կողմից՝ Կոստանդնուպոլիսը գրավելուց շատ չանցած։ Պատրիարքի հոգևոր իշխանությանն էին ենթարկվում Օսմանյան Թուրքիայի տարածքում ապրող հայերը։ Պատրիարքության ստեղծման նպատակներից մեկը հայերին սիրաշահելն էր։ Այդ պատրիարքությունը գործում է մինչև օրս։ Մեծ հեղինակություն ուներ Երուսաղեմի հայոց պատրիարքությունը, որը տնօրինում էր Երուսաղեմի և նրա շրջակայքի հայության հոգևոր գործերը, հայոց եկեղեցիներն ու վանքերը։ Այդ պատրիարքությունն այսօր էլ գործում է։ Ամենայն Հայոց կաթողիկոսության Էջմիածնում հաստատվելուց հետո, իր անկախ գոյությունը շարունակեց նաև Կիլիկիայի կաթողիկոսական աթոռը՝ Մեծի Տանն Կիլիկիո կաթողիկոսություն անունով։ Շատ չանցած Կիլիկիո կաթողիկոսներն ընդունեցին Ամենայն Հայոց կաթողիկոսի գերագահությունը։
| 
