Շահ հռչակվելուց հետո Նադիրը դաժան հաշվեհարդար տեսավ այն ցեղերի հետ, որոնք օժանդակել էին թուրքական զորքերին: Արցախի հարթավայրից տեղահանեց և Խորասան աքսորեց այնտեղ բնավորված թուրքամետ ջևանշիր քոչվոր ցեղին: Նույն թվականին (1736) Նադիրը Արցախն անկախ հայտարարեց Գանձակի խանությունից՝ դարձնելով այն առանձին վարչական միավոր: Նա վերահաստատեց Արցախի ներքին վարչական բաժանումն ու մելիքների ժառանգական իրավասությունները: Այդուհետև Արցախի (Ջրաբերդի, Գյուլիստանի, Խաչենի, Վարանդայի և Դիզակի) մելիքությունները սկսեցին անվանվել Խամսայի (հինգ) մելիքություններ: Դրանց կառավարիչ նշանակվեց Դիզակի մելիք Եգանը, որը միավորում էր նաև Արցախի մելիքների ռազմական ուժերը: Վերջինս ստացավ նաև խանի տիտղոս: Մելիք Եգանի մահից հետո կառավարչի պաշտոնն անցավ նրա որդի Արամին, իսկ այնուհետև վերջինիս եղբորը՝ մելիք Եսայուն:

Նադիր շահի կառավարման ժամանակ Արցախի մելիքները պահպանեցին իրենց բոլոր նախկին իրավունքները: Յուրաքանչյուր մելիք ուներ իր զորքը, որն անհրաժեշտության դեպքում կարող էր հասնել 1000-1500 զինվորի: Արցախի մելիքությունների սահմանները տարածվում էին Գանձակից մինչև Արաքս գետը: Նադիր շահի մահից հետո ևս հայ մելիքները հաջողությամբ խափանում էին Արցախի հարևանությամբ հաստատվելու մահմեդականների բոլոր փորձերը և ավերում նրանց հիմնադրած ամրությունները: Արցախի հարթավայրային մասում մահմեդականները երկար ժամանակ զբաղված էին ավարառությամբ ու կողոպուտներով: Նրանք հաճախակի հարձակումներ էին գործում հայ մելիքների տիրույթների վրա:

Իրենց տիրապետությունը պահպանեցին նաև Սյունիքի և Ղարադաղի (Սև լեռներ) հայկական մելիքությունները: Սևանի հարավարևելյան մասում իշխող Մելիք-Շահնազարյան տոհմի ներկայացուցիչները Նադիրի իշխանության տարիներին ոչ միայն պահպանեցին սեփական իրավունքները, այլև ավելի ամրապնդեցին իրենց դիրքերը: Նրանք անկախ ճանաչվեցին Երևանի խանից: Արարատյան երկրի քալանթար նշանակվեց Մելիքջան Մելիք-Շահնազարյանցը: Վերջինիս մահից հետո նրա որդի մելիք Մանուչարը նշանակվեց Երևանի ու Նախիջևանի զորահրամանատար: Մելիք Մանուչարը մեծ վստահություն ուներ Նադիրի մոտ: Նա իր զորամասով մասնակցել էր Նադիրի Հնդկաստան կատարած արշավանքին:

Արցախի ինքնավարությունը մարմնավորվում էր նաև հոգևոր իշխանության՝ Գանձասարի կաթողիկոսության գոյությամբ: Վերջինս եռանդուն մասնակցություն էր ունենում ազատագրական շարժման մեջ: Այն Արցախի ոչ միայն հոգևոր, այլև աշխարհիկ ուժերի համախմբման ու նրանց պայքարի հիմնական կենտրոնն էր: 1700 թվականից մինչև իր կյանքի վերջը ազատագրական եռանդուն գործունեություն էր ծավալել Եսայի Հասան-Ջալալյան կաթողիկոսը: Եսայի կաթողիկոսի մահից հետո էլ Գանձասարի կաթողիկոսարանը մնում էր հայոց ազատագրական շարժման կարևոր կենտրոններից մեկը: Այնտեղ էին կազմակերպվում գաղտնի խորհրդակցություններ՝ քննարկելու Հայաստանի ազատագրության տարբեր ծրագրեր: