Թուրքական իշխանության գլխավոր նպատակներից էր նաև հայոց ազատամարտի մեկ այլ միջնաբերդի՝ Զեյթունի վերջնական հպատակեցումը: 1895թ. ամռանը Զեյթունի և Լեռնային Կիլիկիայի մի շարք այլ բնակավայրերի հայությանը զինված պայքարի նախապատրաստելու համար Զեյթուն են գալիս հնչակյան գործիչներ: Նրանք խորհրդակցության են հրավիրում Զեյթունի իշխաններին, տեղացի գյուղապետերին, հոգևոր գործիչներին: Հասկանալով և իմանալով, որ կառավարությունը ուժեր է կենտրոնացնում Զեյթունի հետ հաշվեհարդար տեսնելու համար, քաջակորով զեյթունցիները որոշում են նրանց դիմավորել զենքը ձեռքին: Ապստամբության փաստական ղեկավար դարձավ Նազարեթ Չավուշ Նորաշխարհյանը: Երեք օր անց քաջամարտիկ լեռնականները գրավեցին Զեյթունի կառավարչատունը՝ գերելով բոլոր պաշտոնյաներին, ապա գրավեցին գյուղաքաղաքի թուրքական զորանոցը և գերված 700 թուրք զինվորներին ստիպեցին գլուխները խոնարհած անցնել վանահոր թրի տակով: Ապա հայերը գրավեցին երկու թնդանոթ, երեք հարյուրից ավելի հրացան և ռազմամթերք: Ստեղծվում է Զեյթունի ժամանակավոր կառավարությունը՝ Աղասու գլխավորությամբ: Ձևավորվում է նաև զինվորական խորհուրդը: Զորանոցի վրա բարձրացվում է «Զեյթունի անկախ իշխանության» կարմիր դրոշը:

Սուլթանական կառավարությունը զեյթունցիների դեմ է ուղարկում 30-հազարանոց կանոնավոր և մի քանի հազարի հասնող անկանոն զորամասեր: Զեյթունցիները նրանց դիմավորում են 6000 կռվող ուժով և դեկտեմբերի 2-ից 3-ը հետ են մղում մի քանի անգամ գերակշռող հակառակորդի բոլոր գրոհները: Ապստամբության շուրջ 4 ամսվա ընթացքում զեյթունցիները տվեցին 3500 զոհ, իսկ թշնամին՝ 20000 սպանված:

Զեյթունի՝ ամիսներ տևող հերոսամարտն իր վրա է հրավիրում նաև Եվրոպայի ուշադրությունը: Հասարակական կարծիքի ճնշման ներքո գործին միջամտեցին մեծ տերությունների ներկայացուցիչները: Հաշվի առնելով, որ Թուրքիայի ներքին և արտաքին դրությունը գնալով վատթարանում է և ունկնդրելով եվրոպական դեսպանների միջնորդությանը՝ Աբդուլ Համիդը դադարեցրեց ռազմական գործողությունները: Անգլիական, ֆրանսիական, ռուսական և իտալական հյուպատոսների միջնորդությամբ Հալեպում սկսվեցին բանակցությունները զեյթունցիների և թուրքական իշխանությունների միջև: Ի վերջո, փոխադարձ զիջումներով, 1896թ հունվարի 30-ին կողմերի միջև պայմանագիր կնքվեց:

Ըստ համաձայնագրի ապստամբներին շնորհվում էր ընդհանուր ներում: Հնչակյան գործիչները պետության ծախսով անարգել անցնելու էին արտասահման, փախստական հայերը կարող էին անարգել վերադառնալ իրենց բնակավայրերը: Զեյթունում այդուհետ նշանակվելու էր քրիստոնյա կառավարիչ: Հայերը վերադարձնելու էին թշնամուց խլված զենքը: Չեղյալ էին համարվում հարկային ապառքները: Համաձայնագրի իրացման հսկողությունը դրվում էր մեծ տերությունների հյուպատոսների վրա: Հատուկ այդ նպատակի համար գավառի կենտրոն Մարաշում բացվելու էին հյուպատոսություններ: Բայց համաձայնագրի կետերի մեծ մասը չիրականացվեց: Իրագործվեցին միայն Զեյթունում քրիստոնյա կառավարչի (ազգությամբ հույն) նշանակումը, ապստամբներին ներում շնորհելը և երկրորդական բնույթի խնդիրներ:

Զեյթունի 1895-1896թթ. ապստամբությունը հայ ժողովրդի ազատագրական պայքարի առասպել դարձած էջերից է: Անուրանալի է նրա ազդեցությունը ազատագրական պայքարի հետագա ծավալման գործում: