1860-1870-ական թթ. բարենորոգումների և տնտեսական կյանքի որոշ բարելավումներից հետո ցարիզմը փոխեց իր վերաբերմունքը և ուժեղացրեց ճնշումների ու հալածանքների քաղաքականությունը: 1881թ. մարտի 1-ին բարեփոխումներ իրականացնող Ալեքսանդր II կայսրի սպանությունը առիթ դարձնելով՝ կառավարությունը հարձակման անցավ և փաստորեն վերացրեց այն նվաճումների մի զգալի մասը, որը ձեռք էր բերվել նախորդ տասնամյակներին:

Ուժեղացվեցին ազգային հալածանքները ոչ ռուս ժողովուրդների նկատմամբ, ինքնակալությունը սկսեց հակակրանքով վերաբերվել հայերի՝ Արևմտյան Հայաստանում ինքնավարություն ստեղծելու ձգտումներին՝ գտնելով, որ դա վարակիչ կարող է լինել կովկասյան ժողովուրդների համար: Նա արգելեց հայ ֆիդայիներին Անդրկովկասից անցնել Թուրքիա և օգնել իրենց արևմտահայ եղբայրներին:

Չբավարարվելով դրանով՝ ցարիզմը սկսեց ուժեղացնել արևելահայերի հալածանքները: Ամենից առաջ սահմանափակվեցին Ամենայն հայոց կաթողիկոսի և Էջմիածնի Մայր աթոռի իրավունքները: Նա գտնում էր, որ կաթողիկոսը հաճախ գործում է Պետերբուրգից անկախ, բացում է ազգային դպրոցներ և կատարում կառավարությանը ոչ հարիր այլ գործողություններ: Ռուսական իշխանությունները գաղտնի հսկողություն սահմանեցին Էջմիածնի վրա: Նրանք Էջմիածինը դիտում էին որպես հեղափոխական շարժման կենտրոն, ուր երեխաներին դաստիարակում են ըմբոստության ոգով: Աքսորվեցին մի շարք հոգևորականներ և աշխարհիկ գործիչներ: Այնուհետև դպրոցներում արգելվեց դասավանդել պատմություն և աշխարհագրություն՝ որպես ազգային զգացումներ առաջացնող առարկաներ: Հայկական դպրոցների վրա սահմանվեց խիստ հսկողություն, իսկ 1885թ. փակվեց Անդրկովկասում գործող շուրջ 300 հայկական դպրոց: Թիֆլիսում դպրոցների փակումը նկարագրելով՝ ականատեսը հաղորդում էր. «Ավելի քան 1000 աղջիկ ու տղա ցրվեցին իրենց տները՝ աղի-աղի արցունք թափելով, և ավելի քան 50 ուսուցիչ և ուսուցչուհի մնացին գլխիկոր ու վշտաբեկ»: Մեկ տարի անց Կովկասի իշխանությունները հարկադրված էին վերաբացել այդ դպրոցները:

Իրենց հայահալած քաղաքականությունը արդարացնելու և ռուսներին հայերի դեմ գրգռելու նպատակով հորինեցին հայերի սեպարատիզմի, այսինքն՝ Ռուսաստանից անջատվելու մտադրության մասին առասպելը: Տարածեցին լուրեր այն մասին, թե իբր հայերն ուզում են ստեղծել ազգային պետություն՝ Ռուսաստանից զավթելով Կովկասից մինչև Վորոնեժ ընկած տարածքները:

Ինքնակալությունը, առաջնորդվելով «Ռուսաստանը ռուսների համար» սկզբունքով, ջանում էր Արևելյան Հայաստանում փոխել բնակչության ազգային կազմը՝ որքան հնարավոր է շատ ռուսներ բնակեցնելով: Կարսի մարզը կայսրությանը միացնելուց հետո գտնում էին, որ անհրաժեշտ է այն և Հայաստանի այլ վայրերը բնակեցնել ռուսներով: Ցարական պաշտոնյաները մարզի ազատ տարածքները սկսեցին հատկացնել ռուսներին, որոնք գաղթեցվում էին գերազանցապես եվրոպական Ռուսաստանից: Նրանք եկվորներին ավելի շատ հողեր էին տալիս և ավելի երկար ժամանակով ազատում հարկերից ու տուրքերից: Ցարական կառավարության կողմից տարվող այդ քաղաքականության հետևանքով Լոռիում, Սևանի ավազանում, Կարսի մարզում, Զանգեզուրի ու Ղազախի գավառներում բնակություն հաստատեցին հազարավոր ռուսական ընտանիքներ:

Ցարական կառավարության գաղութային քաղաքականությունը որոշակիորեն արտահայտվում էր, ինչպես նշվեց, Հայաստանը հումքի բազա դարձնելու մեջ: Գյուղատնտեսության բնագավառում կառավարությունը խթանում էր իր արդյունաբերության համար հումք մատակարարող կուլտուրաների՝ բամբակի, մետաքսի, ծխախոտի մշակումը: Հայաստանի արդյունաբերական արտադրանքը արտահանվում էր կիսամշակված կամ ուղղակի հումքի ձևով: