Սելջուկյան սուլթանության մասնատման ընթացքում Հայաստանում ևս առաջացան բազմաթիվ մահմեդական իշխանություններ՝ ամիրայություններ, որոնք ամեն կերպ խոչընդոտում էին հայ ազատագրական շարժմանը:

Գանձակի ու Դվինի Շադդադյան ամիրաները, որոնք աջակցել էին սելջուկ-թուրքերին Այսրկովկասի նվաճման գործում, 1064թ. սուլթանից ստացան Անի քաղաքը: Անիում հաստատվեց Շադդադյան Մանուչե ամիրան և շուտով բարեկամական փոխհարաբերությունների մեջ մտավ քաղաքի հայ բնակչության հետ: Նրա օրոք նորոգվեցին Անիի վնասված պարիսպները, քաղաք հրավիրվեցին որոշ հայկական իշխանական տոհմեր: Անեցիների և Շադդադյանների փոխհարաբերությունները թշնամական բնույթ ձեռք բերեցին Մանուչեի մահից հետո, XII դ., երբ կրոնական հալածանքներ սկսվեցին հայ բնակչության նկատմամբ:

Հայաստանի հյուսիս-արևելքում XII դ. կազմավորվեց Գանձակի ընդարձակ աթաբեկությունը: Այդ պետությունը պարբերաբար հարձակումներ էր գործում Արցախի հայկական իշխանությունների վրա, իսկ 1170թ. գրավեց Սյունիքի թագավորությունը: Սյունիքի Բաղաբերդ ամրոցում բարբարոսները ոչնչացրին ավելի քան 10 հազար հայերեն ձեռագիր:

Հարավային Հայաստանում ամենահզորը Շահ-Արմենների ամիրայությունն էր՝ Խլաթ կենտրոնով: Ինչպես ցույց է տալիս պետության անվանումը, նրա բնակչության մեծ մասը կազմում էին հայերը: Ամիրայության սահմանների մեջ էին մտնում Արճեշ, Մուշ, Մանազկերտ քաղաքները: Շահ-Արմենները Հայաստանի ազատագրման անհաշտ թշնամիներից էին:

Մահմեդական փոքրիկ իշխանություններ կային նաև Հայաստանի այլ քաղաքներում՝ Դվինում, Կարսում, Կարինում, Խարբերդում ու նրանց շրջակա գավառներում: Այդ իշխանությունները մեծ ուժ չէին ներկայացնում, բայց հաճախ միանում էին խոշոր ամիրայությունների բանակներին և փորձում կասեցնել հայ-վրացական բանակների առաջխաղացումը: