Թագավորը պետությունը կառավարում էր արքունիքի միջոցով, որի մեջ մտնում էին արքունի խորհուրդը, բարձրագույն դատական ատյանը և գործակալությունները: Արքունիքի գլուխ սկզբում կանգնած էր Հայոց իշխանը, իսկ 1198 թվից՝ Հայոց թագավորը: Նրանք էին պատերազմ հայտարարում, հաշտություն և դաշինք կնքում, քաղաքներ ու ամրոցներ հիմնադրում, դրամներ հատում և լուծում գահաժառանգման խնդիրը: Երկրի գործադիր իշխանությունը թագավորն իրականացնում էր գործակալությունների միջոցով: Տասից ավելի գործակալությունների մի մասը նման էր Հայաստանում եղածներին, իսկ մյուսները նոր էին: Թագավորության հռչակումից հետո վերականգնվեց թագադիր գործակալությունը: Հանդիսությունների ժամանակ նա էր թագ դնում թագավորի գլխին, ինչպես նաև հետևում էր արքունի արարողակարգի պահպանմանը: Խնամակալություն (պայլություն) գործակալությունը ծնունդ է առել դեռևս իշխանության շրջանում: Գործակալը կոչվում էր պայլ: Նա թագավորի առաջին խորհրդականն էր, իսկ նրա բացակայության դեպքում փոխարինում էր նրան: Թագավորի անչափահասության դեպքում պայլն իրականացնում էր ոչ միայն նրա, այլև ամբողջ երկրի խնամակալությունը: Երկրի կառավարման համակարգում մեծ էր արքունի պալատի կառավարչի՝ սենեսկալի դերը, որը տնօրինում էր արքունի եկամուտները և ծախսերը: Գործակալությունների մեջ բավական ազդեցիկ էր արքունի քարտուղարությունը, որի գլխավոր պաշտոնյան կոչվում էր կանցլեր: Սովորաբար նա էր ղեկավարում բանակցություններն օտար երկրների հետ: Երկրի զինված ուժերը կազմակերպելու և ղեկավարելու համար ստեղծվել էր երեք գործակալություն՝ սպարապետություն, սպասալարություն, մարաջախտություն (մատակարարման): Սպարապետին Կիլիկիայում անվանում էին նաև գունդստաբլ: Նա բանակի ընդհանուր հրամանատարն էր: Բանակում մեծ էր արքունի հեծելազորի հրամանատարի՝ սպասալարի դերը: Բանակի սպառազինության և պարենի մատակարարմամբ զբաղվում էր մարաջախտությունը, որի ղեկավարը կոչվում էր մարաջախտ:
| 
