Սելջուկ-թուրքերի առաջին երեք արշավանքները հետախուզական բնույթ էին կրում: Իրադրությունը փոխվեց, երբ սելջուկ-թուրքերի պետության տիրակալ դարձավ Ալփասլան սուլթանը: 1064թ. նրա գլխավորած բանակը ներխուժեց Հայաստան և Վրաստան: Բյուզանդական զորքերն այս անգամ ևս դիտողի դերում էին: Երբ սելջուկները պաշարեցին Անին, քաղաքի բյուզանդական կայազորը քաշվեց միջնաբերդ և անտեր թողեց բնակչությանը: Թշնամին փլատակների կույտի վերածեց ծաղկուն քաղաքը: Կարսի, Սյունիքի և Տաշիր-Ձորագետի թագավորները հպատակություն հայտնեցին սելջուկ-թուրքերին և փրկվեցին ավերածություններից: Այսպես նվաճվեցին Այրարատյան դաշտը և Հայաստանի հյուսիսային շրջանները: 1071թ. բյուզանդացիները վերջապես փորձեցին կասեցնել սելջուկ-թուրքերի սպառնալից առաջխաղացումը և մեծ զորքով շարժվեցին դեպի արևելք: Բյուզանդացիների և սելջուկ-թուրքերի միջև բախտորոշ ճակատամարտը տեղի ունեցավ Մանազկերտի մոտ: Այն ողբերգական վախճան ունեցավ կայսրության համար: Բյուզանդացիները հսկայական կորուստներ կրեցին, գերի ընկավ նույնիսկ կայսրը: Շուտով բյուզանդացիները հարկադրված ընդունեցին իրենց պարտությունը և հաշտություն կնքեցին սելջուկ-թուրքերի հետ: Կայսրությունն ստիպված էր թշնամուն հանձնել ամբողջ Փոքր Ասիան: Մանազկերտի ճակատամարտից հետո նվաճվեցին Հայաստանի հարավային ու արևմտյան շրջանները, որոնք մինչ այդ չէին ենթարկվել ավերածությունների: Ամբողջ Հայաստանը ներառվեց սելջուկների հսկայածավալ սուլթանության մեջ: Սելջուկ-թուրքերի արշավանքների և տեղաշարժերի հետևանքով խիստ տուժեց Հայաստանի գյուղատնտեսությունը: Հատկապես ծանր վիճակում հայտնվեցին քաղաքները: Անկում ապրեցին միջազգային տարանցիկ առևտուրը և արհեստագործությունը: Հայ իշխաններն ու ազատները զրկվեցին իրենց հողային տիրույթներից: Հայոց այրուձին ցրվեց ու ժամանակի ընթացքում հեռացավ օտար երկրներ: Մշտական կռիվների և տնտեսական անկման պատճառով հայության մի ստվար հատված թողեց հայրենիքը: Սկսվեց արտագնացությունը կամ գաղթը դեպի հարևան երկրներ՝ գլխավորապես Բյուզանդիայի խորքերը՝ Փոքր Հայք, Կապադովկիա և Կիլիկիա: XI դ. Հայաստանին վիճակված արհավիրքները ողբերգական հետևանք ունեցան նաև կաթողիկոսական աթոռի համար: Քաղաքական անապահով վիճակից դրդված Հայոց հայրապետները շարունակ տեղից տեղ էին դեգերում և մշտական նստավայր չունեին: Այդ պատճառով Հայոց եկեղեցու հովվապետներն ապրում էին հայրենի երկրից հեռու, փոքրասիական զանազան քաղաքներում, մինչև որ վերջապես հանգրվանեցին Կիլիկիայում:
| 
