Շարժման խորացումն առաջ բերեց երկրի իշխանական դասի և հոգևորականության լուրջ անհանգստությունը: Երկրի ավատատիրական մասնատվածության պայմաններում շարժումը ճնշել չհաջողվեց: Այդ հնարավոր եղավ միայն XI դ. կեսերին, երբ բյուզանդական ծառայության մեջ գտնվող հայ ազգային նշանավոր գործիչներից Գրիգոր Մագիստրոս Պահլավունին ձեռնամուխ եղավ շարժման ճնշմանը: Նրա ղեկավարած կանոնավոր զորքերը քարուքանդ արեցին ու կրակի մատնեցին թոնդրակյան համայնքները: Թոնդրակեցիների մեծ մասը պարզապես բնաջնջվեց, իսկ կենդանի մնացածները կամ փախուստի դիմեցին, կամ էլ արտաքսվեցին երկրից:

Դժվար է ասել՝ թոնդրակեցիները խոր ընդհատակ մտան, թե առժամանակ դադարեցրին իրենց գործունեությունը: Համենայն դեպս, շարժման հետքերը դեռ երկար տեսնում ենք երկրի տարբեր գավառներում: Սակայն Հայաստանի անհանգիստ քաղաքական կյանքը և օտար տիրապետությունները պատճառ դարձան, որ հայ իրականության մեջ վերջին հզոր աղանդավորական շարժումը վերջնականապես մարի:

Աղանդավորական շարժումները, հանդես գալով որպես պաշտոնական եկեղեցուն ընդդիմադիր ուժ, հաճախ ուղեկցվել են ժողովրդական ելույթներով: